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Table 2 Methylation status of 42 CpG sites in a 399 bp region of HLA-G gene extending from the transcriptional start site (TSS) into Exon II (-7 to +392) in malignant (CA), benign (BN) and normal (NL) ovarian tissue samples.

From: Epigenetic changes within the promoter region of the HLA-G gene in ovarian tumors

CA

+18

+40

+59

+70

+80

+97

+106

+108

+124

+129

+132

+138

+147

+154

+156

+159

+171

212

0.63

0.50

0.50

0.50

0.50

0.75

0.63

0.63

0.50

0.00

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

183

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.00

0.50

0.50

0.50

0.00

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

369

0.80

0.90

0.90

0.80

0.80

0.80

0.80

0.80

0.58

0.00

0.80

0.70

0.68

0.80

0.68

0.80

0.68

242

0.38

0.39

0.45

0.39

0.32

0.25

0.13

0.32

0.32

0.25

0.32

0.32

0.32

0.32

0.32

0.32

0.32

170

1.00

0.60

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

0.88

0.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

413

1.00

1.00

1.00

1.00

0.93

0.50

1.00

0.88

1.00

0.00

1.00

1.00

1.00

0.88

1.00

1.00

1.00

317

0.88

0.88

0.88

0.88

0.88

0.50

0.88

0.88

0.88

0.00

0.88

0.88

0.88

0.88

0.88

0.88

0.88

228

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

0.00

0.50

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

AVE

0.77

0.72

0.78

0.76

0.74

0.60

0.74

0.75

0.71

0.03

0.69

0.74

0.73

0.73

0.73

0.75

0.73

BN

                 

382

0.58

0.71

0.58

0.58

0.46

0.50

0.58

0.58

0.73

0.00

0.58

0.58

0.58

0.58

0.58

0.58

0.58

412

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

0.75

1.00

1.00

0.75

0.13

0.63

0.75

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

388

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

0.50

1.00

0.63

1.00

0.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

416

0.50

0.67

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.00

0.50

0.50

0.17

0.50

0.50

0.50

0.50

371

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

0.83

0.17

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

377

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

0.38

1.00

0.88

0.75

0.17

0.88

0.88

0.88

1.00

1.00

0.88

1.00

386

1.00

1.00

1.00

1.00

0.88

0.88

1.00

1.00

0.71

0.50

0.83

0.83

0.83

1.00

1.00

1.00

1.00

400

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

0.67

0.67

0.70

0.00

0.50

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

383

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

0.00

1.00

1.00

1.00

0.00

0.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

AVE

0.90

0.93

0.90

0.90

0.87

0.61

0.86

0.81

0.78

0.11

0.66

0.84

0.83

0.90

0.90

0.88

0.90

NL

                 

500

1.00

0.83

0.83

0.83

1.00

0.67

0.83

0.83

1.00

0.00

0.83

0.83

0.50

0.50

0.33

0.50

0.50

525

0.75

0.75

0.63

0.75

0.75

0.50

0.75

0.88

0.75

0.00

0.75

0.75

0.75

0.75

0.75

0.75

0.63

492

0.63

0.50

0.50

0.50

0.50

0.25

0.63

0.63

0.63

0.00

0.63

0.50

0.63

0.63

0.63

0.63

0.75

499

0.75

0.71

0.58

0.71

0.58

0.29

0.88

0.88

0.54

0.00

0.71

0.71

0.88

0.58

0.71

0.71

0.88

AVE

0.78

0.70

0.64

0.70

0.71

0.43

0.77

0.80

0.73

0.00

0.73

0.70

0.69

0.61

0.60

0.65

0.69

P-VALUES

                 

CA VS NL

0.946

0.869

0.322

0.673

0.838

0.390

0.857

0.690

0.879

0.506

0.766

0.795

0.762

0.403

0.415

0.487

0.762

BN VS NL

0.332

0.018

0.041

0.105

0.255

0.320

0.446

0.990

0.660

0.235

0.671

0.220

0.380

0.025

0.032

0.051

0.10

CA

+175

+193

+227

+230

+233

+240

+245

+249

+251

+261

+269

+281

+287

+292

+299

+303

+308

212

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.38

0.00

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.38

0.50

0.50

183

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

369

0.58

0.68

0.80

0.80

0.80

0.80

0.80

0.90

0.80

0.70

0.80

0.80

0.80

0.80

0.80

0.80

0.68

242

0.32

0.32

0.46

0.39

0.39

0.39

0.32

0.32

0.32

0.39

0.46

0.32

0.32

0.32

0.20

0.32

0.39

170

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

0.63

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

413

1.00

1.00

0.88

0.88

0.88

0.88

0.88

0.75

0.88

0.75

0.88

0.88

0.63

1.00

1.00

1.00

1.00

317

0.88

0.38

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

0.50

1.00

1.00

1.00

228

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

AVE

0.72

0.67

0.77

0.76

0.76

0.76

0.75

0.73

0.69

0.68

0.77

0.75

0.72

0.70

0.73

0.77

0.76

BN

                 

382

0.58

0.58

0.58

0.58

0.58

0.58

0.58

0.58

0.46

0.58

0.71

0.58

0.46

0.58

0.58

0.58

0.58

412

0.63

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

388

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

0.75

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

416

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.67

371

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

0.17

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

377

1.00

0.88

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

0.88

1.00

0.88

1.00

1.00

0.88

1.00

1.00

1.00

1.00

386

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

0.83

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

0.88

400

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

0.70

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

383

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

AVE

0.86

0.88

0.90

0.90

0.90

0.86

0.90

0.88

0.88

0.75

0.91

0.90

0.87

0.90

0.90

0.90

0.90

NL

                 

500

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.83

0.50

0.50

0.50

0.50

525

0.75

0.63

0.75

0.75

0.75

0.75

0.75

0.75

0.75

0.75

0.75

0.88

0.63

0.63

0.75

0.75

0.75

492

0.75

0.88

0.75

0.75

0.63

0.75

0.75

0.75

0.75

0.75

0.75

0.75

0.75

0.75

0.63

0.75

0.63

499

0.88

0.88

0.88

0.88

0.88

0.88

0.88

0.88

0.88

0.88

0.88

0.88

0.88

0.88

0.88

0.88

0.88

AVE

0.72

0.72

0.72

0.72

0.69

0.72

0.72

0.72

0.72

0.72

0.72

0.75

0.77

0.69

0.69

0.72

0.69

P-VALUES

                 

CA VS NL

0.986

0.776

0.725

0.784

0.640

0.784

0.840

0.941

0.877

0.788

0.725

0.998

0.720

0.923

0.799

0.780

0.650

BN VS NL

0.283

0.200

0.148

0.148

0.096

0.241

0.148

0.173

0.222

0.865

0.096

0.250

0.427

0.100

0.100

0.148

0.053

CA

+314

+319

+322

+328

+340

+342

+346

+349

         

212

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

         

183

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

         

369

0.80

0.80

0.80

0.80

0.80

0.80

0.80

0.80

         

242

0.32

0.39

0.32

0.45

0.45

0.45

0.45

0.45

         

170

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

         

413

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

         

317

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

         

228

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

         

AVE

0.77

0.77

0.77

0.78

0.78

0.78

0.78

0.78

         

BN

                 

382

0.58

0.58

0.58

0.58

0.58

0.58

0.58

0.58

         

412

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

         

388

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

         

416

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

0.50

         

371

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

         

377

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

         

386

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

         

400

1.00

1.00

0.83

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

         

383

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

1.00

         

AVE

0.90

0.90

0.88

0.90

0.90

0.90

0.90

0.90

         

NL

                 

500

0.50

0.50

0.50

0.33

0.50

0.50

0.50

0.50

         

525

0.75

0.75

0.75

0.75

0.75

0.75

0.75

0.75

         

492

0.75

0.75

0.75

0.75

0.75

0.75

0.75

1.00

         

499

0.88

0.88

0.88

0.88

0.88

0.88

0.88

0.88

         

AVE

0.72

0.72

0.72

0.68

0.72

0.72

0.72

0.78

         

P-VALUES

                 

CA VS NL

0.769

0.714

0.769

0.515

0.671

0.671

0.671

0.998

         

BN VS NL

0.148

0.148

0.190

0.120

0.148

0.148

0.148

0.365

         
  1. Values shown for each sample/position are the average of 5–8 clones. Marginally significant differences between tumor and normal samples were detected at 4 of the 42 CpG sites.