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Table 2 Methylation status of 42 CpG sites in a 399 bp region of HLA-G gene extending from the transcriptional start site (TSS) into Exon II (-7 to +392) in malignant (CA), benign (BN) and normal (NL) ovarian tissue samples.

From: Epigenetic changes within the promoter region of the HLA-G gene in ovarian tumors

CA +18 +40 +59 +70 +80 +97 +106 +108 +124 +129 +132 +138 +147 +154 +156 +159 +171
212 0.63 0.50 0.50 0.50 0.50 0.75 0.63 0.63 0.50 0.00 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50
183 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.00 0.50 0.50 0.50 0.00 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50
369 0.80 0.90 0.90 0.80 0.80 0.80 0.80 0.80 0.58 0.00 0.80 0.70 0.68 0.80 0.68 0.80 0.68
242 0.38 0.39 0.45 0.39 0.32 0.25 0.13 0.32 0.32 0.25 0.32 0.32 0.32 0.32 0.32 0.32 0.32
170 1.00 0.60 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.88 0.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00
413 1.00 1.00 1.00 1.00 0.93 0.50 1.00 0.88 1.00 0.00 1.00 1.00 1.00 0.88 1.00 1.00 1.00
317 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.50 0.88 0.88 0.88 0.00 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88
228 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.00 0.50 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00
AVE 0.77 0.72 0.78 0.76 0.74 0.60 0.74 0.75 0.71 0.03 0.69 0.74 0.73 0.73 0.73 0.75 0.73
BN                  
382 0.58 0.71 0.58 0.58 0.46 0.50 0.58 0.58 0.73 0.00 0.58 0.58 0.58 0.58 0.58 0.58 0.58
412 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.75 1.00 1.00 0.75 0.13 0.63 0.75 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00
388 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.50 1.00 0.63 1.00 0.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00
416 0.50 0.67 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.00 0.50 0.50 0.17 0.50 0.50 0.50 0.50
371 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.83 0.17 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00
377 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.38 1.00 0.88 0.75 0.17 0.88 0.88 0.88 1.00 1.00 0.88 1.00
386 1.00 1.00 1.00 1.00 0.88 0.88 1.00 1.00 0.71 0.50 0.83 0.83 0.83 1.00 1.00 1.00 1.00
400 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.67 0.67 0.70 0.00 0.50 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00
383 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.00 1.00 1.00 1.00 0.00 0.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00
AVE 0.90 0.93 0.90 0.90 0.87 0.61 0.86 0.81 0.78 0.11 0.66 0.84 0.83 0.90 0.90 0.88 0.90
NL                  
500 1.00 0.83 0.83 0.83 1.00 0.67 0.83 0.83 1.00 0.00 0.83 0.83 0.50 0.50 0.33 0.50 0.50
525 0.75 0.75 0.63 0.75 0.75 0.50 0.75 0.88 0.75 0.00 0.75 0.75 0.75 0.75 0.75 0.75 0.63
492 0.63 0.50 0.50 0.50 0.50 0.25 0.63 0.63 0.63 0.00 0.63 0.50 0.63 0.63 0.63 0.63 0.75
499 0.75 0.71 0.58 0.71 0.58 0.29 0.88 0.88 0.54 0.00 0.71 0.71 0.88 0.58 0.71 0.71 0.88
AVE 0.78 0.70 0.64 0.70 0.71 0.43 0.77 0.80 0.73 0.00 0.73 0.70 0.69 0.61 0.60 0.65 0.69
P-VALUES                  
CA VS NL 0.946 0.869 0.322 0.673 0.838 0.390 0.857 0.690 0.879 0.506 0.766 0.795 0.762 0.403 0.415 0.487 0.762
BN VS NL 0.332 0.018 0.041 0.105 0.255 0.320 0.446 0.990 0.660 0.235 0.671 0.220 0.380 0.025 0.032 0.051 0.10
CA +175 +193 +227 +230 +233 +240 +245 +249 +251 +261 +269 +281 +287 +292 +299 +303 +308
212 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.38 0.00 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.38 0.50 0.50
183 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50
369 0.58 0.68 0.80 0.80 0.80 0.80 0.80 0.90 0.80 0.70 0.80 0.80 0.80 0.80 0.80 0.80 0.68
242 0.32 0.32 0.46 0.39 0.39 0.39 0.32 0.32 0.32 0.39 0.46 0.32 0.32 0.32 0.20 0.32 0.39
170 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.63 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00
413 1.00 1.00 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.75 0.88 0.75 0.88 0.88 0.63 1.00 1.00 1.00 1.00
317 0.88 0.38 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.50 1.00 1.00 1.00
228 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00
AVE 0.72 0.67 0.77 0.76 0.76 0.76 0.75 0.73 0.69 0.68 0.77 0.75 0.72 0.70 0.73 0.77 0.76
BN                  
382 0.58 0.58 0.58 0.58 0.58 0.58 0.58 0.58 0.46 0.58 0.71 0.58 0.46 0.58 0.58 0.58 0.58
412 0.63 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00
388 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.75 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00
416 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.67
371 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.17 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00
377 1.00 0.88 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.88 1.00 0.88 1.00 1.00 0.88 1.00 1.00 1.00 1.00
386 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.83 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.88
400 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.70 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00
383 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00
AVE 0.86 0.88 0.90 0.90 0.90 0.86 0.90 0.88 0.88 0.75 0.91 0.90 0.87 0.90 0.90 0.90 0.90
NL                  
500 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.83 0.50 0.50 0.50 0.50
525 0.75 0.63 0.75 0.75 0.75 0.75 0.75 0.75 0.75 0.75 0.75 0.88 0.63 0.63 0.75 0.75 0.75
492 0.75 0.88 0.75 0.75 0.63 0.75 0.75 0.75 0.75 0.75 0.75 0.75 0.75 0.75 0.63 0.75 0.63
499 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88
AVE 0.72 0.72 0.72 0.72 0.69 0.72 0.72 0.72 0.72 0.72 0.72 0.75 0.77 0.69 0.69 0.72 0.69
P-VALUES                  
CA VS NL 0.986 0.776 0.725 0.784 0.640 0.784 0.840 0.941 0.877 0.788 0.725 0.998 0.720 0.923 0.799 0.780 0.650
BN VS NL 0.283 0.200 0.148 0.148 0.096 0.241 0.148 0.173 0.222 0.865 0.096 0.250 0.427 0.100 0.100 0.148 0.053
CA +314 +319 +322 +328 +340 +342 +346 +349          
212 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50          
183 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50          
369 0.80 0.80 0.80 0.80 0.80 0.80 0.80 0.80          
242 0.32 0.39 0.32 0.45 0.45 0.45 0.45 0.45          
170 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00          
413 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00          
317 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00          
228 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00          
AVE 0.77 0.77 0.77 0.78 0.78 0.78 0.78 0.78          
BN                  
382 0.58 0.58 0.58 0.58 0.58 0.58 0.58 0.58          
412 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00          
388 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00          
416 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50          
371 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00          
377 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00          
386 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00          
400 1.00 1.00 0.83 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00          
383 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00          
AVE 0.90 0.90 0.88 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90          
NL                  
500 0.50 0.50 0.50 0.33 0.50 0.50 0.50 0.50          
525 0.75 0.75 0.75 0.75 0.75 0.75 0.75 0.75          
492 0.75 0.75 0.75 0.75 0.75 0.75 0.75 1.00          
499 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88          
AVE 0.72 0.72 0.72 0.68 0.72 0.72 0.72 0.78          
P-VALUES                  
CA VS NL 0.769 0.714 0.769 0.515 0.671 0.671 0.671 0.998          
BN VS NL 0.148 0.148 0.190 0.120 0.148 0.148 0.148 0.365          
  1. Values shown for each sample/position are the average of 5–8 clones. Marginally significant differences between tumor and normal samples were detected at 4 of the 42 CpG sites.