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Table 3 Primers and probes used for PCR and qRT-PCR

From: SNPs in the coding region of the metastasis-inducing gene MACC1 and clinical outcome in colorectal cancer

Gene

Primer/Probe

Sequence 5’-3’

MACC1, exon 4

Forward primer

atctagtcgagtatcctaccag

 

Reverse primer

cagaggtagaccttcaacaattat

MACC1, exon 5.1

Forward primer

cttgattgtaactcacagtgcc

 

Reverse primer

gaggttgcctaacatgatttcc

MACC1, exon 5.2

Forward primer

gaattccaagaggtgtctctaag

 

Reverse primer

cttcacctgcttccaactgc

MACC1, exon 5.3

Forward primer

ggacacaattatatgccaggac

 

Reverse primer

gcagtgtacaagtccaatcttac

MACC1, exon 5.4

Forward primer

ggacacaattatatgccaggac

 

Reverse primer

gcagtgtacaagtccaatcttac

MACC1, exon 5.5

Forward primer

gcagtgctaagacaaagcaag

 

Reverse primer

catttctcctctcacatggttcag

MACC1, exon 6

Forward primer

ctctggcttagttatgtctactg

 

Reverse primer

gtgaatccgtgaatgtggtatg

MACC1, exon 7

Forward primer

gtccatgtgtaattggtattccg

 

Reverse primer

tctgagattctttctttcctacac

Met, exon 14

Forward primer

gtcgattcttgtgtgctgtctt

 

Reverse primer

cagaggtaaatacttcctttagg

Met, exon 15

Forward primer

gctaccactgcttccattcttaaggac

 

Reverse primer

ttgcttccatgcacaagggcaaatcc

Met, exon 16

Forward primer

gcttatatccttgggtgaaatgtgttgcatc

 

Reverse primer

atgagggctctgagggatcatttcag

Met, exon 17

Forward primer

aaccctcaggacaagatgctaa

 

Reverse primer

ggtgcatttgaatgatgctaacat

Met, exon 18

Forward primer

aggcttgagccattaagaccaa

 

Reverse primer

ccagggcttacacatcgattta

Met, exon 19

Forward primer

gaggccagatgaaatacttcct

 

Reverse primer

atgaagaaaactggaattggtggt

MACC1, SNP L31V

Forward primer

gaagctggaaaagtctcaaaaagtt

 

Reverse primer

aactttttgagacttttccagcttc

MACC1, SNP S515L

Forward primer

taaaaagactcttgaatctgccagg

 

Reverse primer

cctggcagattcaagagtcttttta

MACC1, SNP R804T

Forward primer

gaaataactacacagatgtgttaca

 

Reverse primer

tgtaacacatctgtgtagttatttc

MACC1, qRT-PCR

Forward primer

ttcttttgattcctccggtga

 

Reverse primer

actctgatgggcatgtgctg

 

FITC-probe

gcagacttcctcaagaaattctggaagatcta-FITC

 

LCRed640

LCRed640-agtgtttcagaacttctggacattttagacga